甲酚、樟脑酚等有较强的细胞毒性，对根尖周组织有刺激性，并有可能成为致敏源使机体致敏。通过研究氢氧化钙和甲醛甲酚根管封药效果表明 ：氢氧化钙组67.7%一次封药后即可行根管充填，甲醛甲酚组为40%。氢氧化钙组治疗期间未产生疼痛，甲醛甲酚组有8.3%疼痛。平均封药次数氢氧化钙组1.38次，甲醛甲酚组1.76次，细菌培养结果与此呈正相关。
Stuart等人的细菌学研究发现，氢氧化钙对感染根管内常见致病菌的抗菌性显著高于甲醛甲酚 。
研究表明 ：氢氧化钙用于感染根管治疗时的根管封药，具有良好的杀菌作用，对根管渗液、叩痛、瘘管病例的有效率明显高于甲醛甲酚组，并且无甲醛甲酚的组织刺激性，提示氢氧化钙是一种理想的根管消毒药物。近年来氢氧化钙作为一种根管内封药，在多种牙髓及根尖周病的治疗中得以广泛应用。氢氧化钙具有抗菌性、灭活内毒素、牙本质壁的渗透作用、诱导硬组织形成等特性。它在杀灭微生物和减轻两次约诊间的症状以及减低对根尖组织的毒性等方面表现出更优良的效果。氢氧化钙具有强碱性，对细菌的细胞膜和蛋白质结构产生破坏，导致对细菌的杀伤作用，能有效杀灭感染根管内的所有微生物 。
强碱性可使蛋白质变性水解，故能溶解根管内坏死组织，有利于清洁根管。氢氧化钙能够中和炎症所产生的酸性物质，从而减少根管治疗期间急症（IAE）的发生。具有收敛性，对于消除炎症渗出及减轻疼痛有良好的效果 。氢氧化钙有高效抗厌氧菌作用，对某些需氧菌有抑制作用对能引起严重症状的细菌如产黑色素类杆菌和牙龈类杆菌有高效快速的抗菌功能，对引起根管治疗疗程迁延的放线菌有杀菌功能 。氢氧化钙对根尖周组织无刺激作用，并能使根尖部吸收区出现新的牙骨质及衬以成骨细胞的新骨。氢氧化钙抗菌效能取决于其氢氧根离子的浓度 ，氢氧化钙通过水解细菌脂多糖的脂肪部分而游离羟基脂肪酸释放，而细菌脂多糖在骨吸收过程中起重要作用，脂多糖是细菌细胞壁的组成部分，遗留于根管中的脂多糖微小浓度就能对宿主细胞有明显损害 。氢氧化钙可以通过破坏脂多糖而达到破坏细菌细胞壁，起到杀菌作用。
常规采用氢氧化钙糊剂行根管封药．具体操作如下：用适量生理盐水将氢氧化钙粉调制成糊剂状，将其导入已预备好的根管，用氧化锌丁香油粘固剂暂封；封药一周。
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