专家的建议是，人口密度较高、交通方便的平原地区的卫生院合理的发展方向有两个：一部分变成不设床位的社区门诊部，向方圆几公里的城乡居民提供较好的门诊服务；一部分有基础、有条件的走向专科建设，以向周边居民提供较好的住院服务为主。
根据安徽省卫生厅公布的数据，该省推行基层医药卫生体制综合改革之后，大部分基层医疗卫生机构运行良好，但也有一些地方在改革后出现卫生院功能萎缩、医疗服务量下降、卫生院收入下降等情况。统计显示，2009年，该省参合农民在乡镇卫生院住院的病人数占全省新农合总住院病人数的51.57%，2010年这一数据降至不足30%。
面对这种情况，安徽省随即出台应对之策，放宽对中心卫生院的用药限制，在保证基本药物使用比例不少于采购金额70%的前提下，允许其在基本药物和省补充药品外，从新农合药品目录和医保目录中，适当增配部分临床药品，以保障专科用药。同时，要求各地卫生部门在确保完成基本公共卫生服务和基本医疗服务的基础上，鼓励和支持中心卫生院发展特色专科，扩大影响力，提高知名度，由此获得的医疗服务收入由中心卫生院按规定统筹使用。
各地亦有自己的“土政策”出台。含山县对全县乡镇卫生院全年的医疗服务收入作出规定，数额从几十万元到一百多万元不等。由于规模最大，运漕卫生院被要求完成160万元的医疗收入，这让该院负责人彭友俊叫苦不迭。“业务量掉得太多，完成很难。”
经过新一轮改革，当前农村医疗机构是健全的，在农村基本实现了乡镇有卫生院，村村有卫生室，但人才瓶颈这一顽疾依旧存在，让基层的基本医疗服务依然存在缺失，这无疑是改革需要弥补的漏洞。
张道明也表示，现在找一个高水平的医生到乡镇实在太难，“根本就不是钱的问题，一听说到卫生院，人家都不和你谈。”县卫生局每年都想方设法招收医科大学生，但正规院校毕业生不愿来，来了也留不住。
尽管有新政出台，但彭友俊仍不乐观。“要发展专科，得要有人来做才行。”他说，在改革之初，由于受到基本药物制度影响和“创收”积极性的下滑，卫生院原先的特色科室逐渐萎缩，几个有名气的医生都被抽调至县级医院。如今要想重新恢复，已经很难了。
他担心，卫生院会陷入“缺人才——发展缓慢——更缺人才”的怪圈。
